Protopopiatul Ortodox Român Dej este succesor al unui protopopiat ortodox atestat documentar în a doua jumătate a secolului al XVII-lea, cu locaţie itinerantă în sate din preajma cetăţii Ciceu: Ciceu-Corabia, Ciceu-Giurgeşti, Rohia, Muncel, conduse de protopopii Gheorghe (1664), Dumitru (1682), Ioan Pop (1805), Axente Bodea, Ioan Greblea, Vasile Cosma, Ioan Bodea.
Hotărîrea de stabilire a reşedinţei protopopiale în Dej, a fost luată de Congresul Naţional al Bisericii Ortodoxe din Transilvania, în 13/25 octombrie 1881.
Din cauze politice şi materiale, până în 1885 Dejul a fost doar reşedinţă nominală a Protopopiatului, condus din parohia sa din Ciceu-Giurgeşti, de preotul Constantin Bodea.
La data acestei hotărîri, Protopopiatul era format din 28 de parohii cu 5 filii.
Trecerea la ortodoxie a unor comunităţi sau părţi de comunităţi (Sălişca, Cîţcău, Vad, Leurda, Pădureni, etc.), unificarea religioasă (l948), succesivele organizări teritorial- administrative, (1952, 1961, 1968), desfiinţarea unor protopopiate (Sic, Cetatea de Piatră, Beclean, Gherla), reînfiinţarea altora (Chioar-1924, Beclean, Gherla), transformarea unor filii în parohii, divizarea unor parohii din mediul urban (Dej, Gherla), arondări de interes local, au modificat structura teritorială a Protopopiatului, în sensul restrângerii sau extinderii lui, astfel încât numărul localităţilor asupra cărora îşi exercita autoritarea confesională a variat în timp
– în 1881 – 28 parohii cu 5 filii,
– în 1885 – 27 parohii cu 5 filii,
– în 1887 – 26 parohii cu 2 filii,
– în 1920 – 28 parohii cu 5 filii,
– în 1924 – 24 parohii cu 3 filii,
– în 1926 – 25 parohii cu 4 filii,
– în 1945 – 35 parohii cu 6 filii,
În 1948, celor 35 parohii şi 6 filii cât a avut protopopiatul s-au adăugat 24 parohii şi 10 filii de la fostul protopopiat greco-catolic Dej şi 22 parohii cu 9 filii de la fostul protopopiat gerco-catolic Reteag, având în total 81 parohii şi 25 filii.
În 1961 urare desfinţării Protopopiatului Beclean au fost arondate la Protopopiatul Dej 19 parohii şi 14 filii.
În 1963 Protopopiatul Ortodox Dej a mai primit de la Zalău 11 parohii.
În 1968 prin desfiinţarea regiunii şi raioanelor, luând fiinţă judeţele s-a făcut o nouă arondare, Protopopiatul Ortodox Dej primind 42 de parohii de la Protopopiatul Gherla care s-a desfiinţat, dar trec la Protopopiatul Năsăud 29 de parohii şi 28 parohii la Protopopiatul Zalău.
În anul 1969 avea un număr de 77 parohii cu 40 de filii şi Mănăstirea Nicula.
În anul 1976 s-au mai adăugat 4 parohii şi trei filii de la Protopopiatul Turda (Geaca, Sucutard, Cătina şi Feldioara).
În 1997 reânfiinţându-se Protopopiatul Gherla un număr de 40 de parohii cu 17 filii trec la acesta iar Protopopiatul Dej primeşte de la Protopopiatul Năsăud 9 parohii.
În perioada 1998-2000, un număr de 9 filii se transformă în parohii.
În 2010 reânfinţându-se Protopopiatul Beclean un număr de 9 parohii revin acestuia.
În anul 2011, se înfiinţează în oraşul Dej două parohii „Sfântul Andrei” şi „ Sfântul Nectarie” şi una Dej-Triaj „Sfântul Mina”.
În anul 2013 Protopopiatul Ortodox Dej are un număr de 54 parohii cu 20 filii, două mănăstiri Valea Căşielului cu hramul „Sfintei Cruci” şi „ Buna Vestire” şi Mănăstirea Vad cu hramul „Adormirea Maicii Domnului” şi două Capele pentru asistenţă socială: Capela Spital cu hramul „Sfinţii Doctori Cosma şi Damian” şi Capela Militară cu hramul „Sfântul Dimitrie”.
Sediul protopopial
De la stabilirea locaţiei în Dej, Oficiul Protopopial Ortodox Român a funcţionat în imobilele în care domiciliau protopopii, din 1975 pe strada 1 Mai nr. 19, proprietate a Parohiei Ortodoxe Dej I.
În anul 2008, Protopopiatul a cumpărat de la Parohia Ortodoxă Română Dej I, 250 m.p.de teren din grădina bisericii de pe Str. Gutinului pe care, în baza Autorizaţiei nr. 153/03.07.2008, emisă de Consiliul Municipal, a început construirea sediului protopopial.
Proiectul clădirii a fost elaborat de ing. Garabagiu Sorin. Finanţarea construcţiei este asigurată de parohiile aparţinătoare Protopopiatului, de Primăria Municipiului Dej, de binevoitori şi sponsori.
În data de 8 decembrie 2012 a avut loc inaugurarea noului sediu prin săvârşirea Sfeştaniei de către Înaltpreasfinţitul Arhiepiscop şi Mitropolit Andrei, în prezenţa preoţilor din protopopiat şi a oficialităţilor Municipiului Dej.